Hisaaki SHINKAI Homepage

たぶん他人には役に立たない 自分のためのおぼえがき

「Linux で PCクラスタを組む」記

2002年9月 TurboLinux 7 インストール
2003年11月 TurboLinux 10 desktop インストール

(2002年9月)いままで,自分で買ったパソコンはMacintoshのみ,Unixの利用経験はあるが, Linuxマシンの所有も,サーバ管理の経験もない.こんな私が,予算を 取得した関係上,いきなりIntelのCPUをもったPCクラスタ4台を立ち上げ(しかも ノーブランド), Cactus計算基盤を用いて 並列数値計算を行おう,という無謀この上ないプロジェクトを始めた.

(2003年11月)10月にTurboLinux 10 desktop が発売された.これまで無料で配付されていた versionは,もうすぐサポートされなくなるとのこと.頑張って,システムを再構築した奮戦記を並記した.


マシンを発注
インストール
インテルフォートラン
初期設定(ポートの制限など)
必要なソフトのインストール
外部との接続など
並列化の実装
Cactusコード
reboot
latex
user管理
LAPACKインストール
update
ファイルエラー
コマンドリスト


マシンを発注 2002/9


インストール

黒字 2002/9/19 TurboLinux7workstation版
茶字 2003/11/4 TurboLinux10desktop版

TurboLinux10desktop版 では,
  • インストール時に,それまでのLinuxファイルはすべて 消去されてしまうので,バックアップが必要.(Workstation8版からのアップデートさえ,推奨していない.)
  • インストール開始時には,私の機種ではビデオカードの問題か,VESAモードを選ばないと,画面が真っ黒になって 先へ進まない.
  • デスクトップはgnomeもあるが,KDEがデフォルトだそうだ.見かけはずいぶんと変わった.Windowsっぽくなって残念.
  • userは先に作っておく.インストールが完了したら,chshで/bin/tcshにしておく.
  • やはり,直ちにturbopkgで,最新版にupdateする.

Intel Fortranが動く

黒字 2002/9/20 TurboLinux7workstation版
茶字 2003/11/4 TurboLinux10desktop版

  • TurboLinux10desktop版には,Intel Fortran評価版入り,とパッケージには 書いてあるが,自動的にはインストールされなかった.
  • 2003年11月現在,Intel Fortranは,7.1になり,アクセス先は Intel Fortran 7.1. non commercialな目的ならただで使える,という太っ腹戦略は同じである. ユーザー登録をすると,直ちにライセンスファイルがメールで送られてきた. kernel 2.4までしか対応を表明していないので,TurboLinux10desktopで使えるかちょっと どうか心配であったが,結果から言えば大丈夫.
  • インストール方法は, ここにもあるが, tarでファイルを解凍し,rootになって,/install.その際,ライセンスファイル ***.lic も同じディレクトリに入れておく. ***.licは chmod 666 しておく. インストール先は /opt/intel.
  • .tcshrcに /opt/intel/compiler70/ia32/bin へのpathを追加し,さらに,
    source /opt/intel/compiler70/ia32/bin/ifcvars.csh
    setenv IA32ROOT /opt/intel/compiler70/ia32
    setenv F90 ifc
    
    としておく

初期設定(開いているポートの制限など)

黒字 2002/9/24 TurboLinux7workstation版
茶字 2003/11/4 TurboLinux10desktop版

  • TurboLinux10desktop版 では,telnet/rsh関連がデフォルトではインストールされないようだ.
    rpm -qa | grep telnet
    >> telnet-client-0.17-23
    rpm -qa | grep rsh
    >> none
    
    turbolinux.co.jpのサイトでも対応するrpmファイルは見当たらない.そこで,古いversionのrpmを強引にインストールすることにした. ftp://ftp.turbolinux.co.jp/pub/TurboLinux/TurboLinux/ia32/Workstation/8/install/turbo/RPMSより,
    rsh-0.17-19.i586.rpm
    telnet-0.17-19.i586.rpm
    
    をダウンロードする.rootになって,このファイルのあるディレクトリより,
    rpm -Uvh rsh-0.17-19.i586.rpm
    rpm -e telnet-client-0.17-23
    rpm -Uvh telnet-0.17-19.i586.rpm
    
    起動するために,
    turboservice
    
    でshellをon.ついでにcannaをoff,ypbindをoff./etc/xinetd.d のディレクトリにある,loginファイルとtelnetファイルの disable=yesをdisable=noに 書き換えて,
    service xinetd restart
    
    そのほか
    chkconfig --level 2345 portmap on
    service portmap restart
    chkconfig --level 2345 ypbind off
    
  • TurboLinux10desktop版 では,nfs関連はインストールされるのだが,デフォルトでは起動しないようだ.
    chkconfig --level 2345 nfs on
    service nfs start
    /etc/rc.d/init.d/nfs status
    

必要なソフトのインストールなど 2002/9/25


外部との接続など 2002/9/26


並列化の実装など 2002/9/27

mpirunを可能にするためには,いくつかの準備が必要であった.

Cactusコードを走らせる 2002/9/27

さていよいよCactusコードをダウンロードし,

reboot 2002/11/5

停電後,rebootすることになった.mountは,毎回行うことが必要らしい. go to mount

LaTeX 2002/11/12

latexは,標準でインストールされているのだが,revtexなどのスタイルファイルを インストールする必要があった.
/usr/share/texmf/tex/latex
の所にrevtex4ディレクトリを置いて,
mktexlsr
この件についてはttaka氏に世話になった.

user管理 2002/11/15

userが増えてくると,その管理も必要になってきた.特に他からhomeを mountしているときは,uidやgidが一致していないと混乱をきたす. まず,groupを一つ作り,user登録はその元で分類した.
groupadd -g 1100 guest
useradd -g guest -u 1103 username
passwd username
ちなみに,
userdel username
とすればuser情報が消去される. これらの情報は,/etc/groupと/etc/passwdに登録される. これらのファイルを修正するときは
vi /etc/group
vipw /etc/passwd
すでに/homeにあるディレクトリを修正するときは,rootになって,/home で,
chgrp -R guest username
chown -R yoneda username

chgrp -R root shinkai
chown -R shinkai shinkai
などとする必要があった.-Rはrecurrsive.ファイルのownerが変になったときは,
chown -R shinkai:root *
など

LAPACKインストール 2003/4/9 未完...

LAPACK (Linear Algebra PACKage) をインストールする必要に迫られた.しかし,intel fortran compiler ifcとの 組み合わせがなかなか相性悪い.この件についてはttaka氏に世話になった.

f90で併用するには,さらにLAPACK95を利用可能にしなければならない.

セキュリティアップデート 2003/5/22, 2003/9/18

「またまたSSHに脆弱性発見」とかいうらしいので,updateするように,上から言われた. この簡単さがturbolinuxの良いところ,とか.

ファイルエラー 2003/10/15

久しぶりに終了,再起動をしたら,ディスクのチェックが自動的に始まり,エラーを検出して起動が途中で 止まってしまった.fsckをマニュアルで行え,とかかれていたので,rootで入り,
fsck /
あとはClearするかにyesとだけ答え,修復を信じるばかり.

コマンドリスト

起動コマンド
kterm -sl 500 スクロールを500行にしてkterm起動
xhost + すべてのホストからXserverへの接続を許可

確認コマンド
df 空き容量 -mでMbyte表示,
umount /mnt/cdrom CDromをアンマウント
find . -name filename -print
find . -name "*.conf" -print
ファイル捜索
ifconfig インターフェース状態の確認
netstat -n -l | less 開いているポートを確認
nslookup hostname IPアドレスなどの確認
rpm -qa | more
rpm -qa | grep XFree86
ソフトウェア・パッケージ一覧
rpm -qf /etc/ftpaccess そのファイルがどのパッケージに属しているか
rpm -q --whatrequires +gtk 指定したパッケージがどのパッケージに必要とされているか
rpm -qR wu-ftpd パッケージが依存しているパッケージとファイルのリスト
rpm -i wu-ftpd パッケージ情報
rpm -ql wu-ftpd パッケージに含まれているファイルの一覧
uname -a システム情報
who 誰情報
w 現在のプロセス状況
grep -e "hoohoo" */*/* |& more hoohooを含むファイルをまとめて表示

管理コマンド only from root
adduser user追加,直後にpasswdでパスワードの設定
chkconfig --list | sort | more
chkconfig --level 2345 portmap on
デーモン管理
ntpdate 134.160.4.5 時刻の同期
limit coredumpsize 0 coredumpsizeを無効に
loadkeys us キーボードをUSに.jp106なら日本語
ntsysv デーモン管理(そのレベルのみ,reboot 必要)
turbonetcfg IPアドレスの設定など
turbopkg パッケージ更新
shutdown -r now リスタート
shutdown -h now 終了

これで,私も情報系の職に応募資格を得たか???
F様,お世話になりました.末永くお幸せに.



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Last updated: 2003/11/5